Năm 2012, Tổng cục Thuế tiến hành thanh tra tại doanh nghiệp, đưa ra ý kiến, Nhà máy Cần Thơ không được hưởng ưu đãi theo diện đầu tư mới mà thuộc diện ưu đãi theo đầu tư mở rộng. Theo đó, Công ty không được hưởng ưu đãi về thuế suất mà chỉ được hưởng miễn, giảm thuế TNDN.
Ngày 9/2/2015, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh đã ban hành quyết định xử lý về thuế, xử lý vi phạm hành chính. Theo đó, Công ty bị truy thu hơn 18 tỷ đồng thuế TNDN cho năm 2012 và 2013 với lý do Công ty không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo Giấy chứng nhận đầu tư; phạt hành chính nộp chậm thuế hơn 3,5 tỷ đồng.
Sau đó Công ty đã có nhiều buổi làm việc với các cơ quan có liên quan. Ngày 14/2/2015, UBND TP. Cần Thơ đã có công văn đề xuất cho Công ty được hưởng ưu đãi theo Giấy chứng nhận đầu tư đã cấp để bảo đảm cam kết của cơ quan nhà nước đối với doanh nghiệp, ổn định môi trường đầu tư.
Qua Hệ thống tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH Nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam tiếp tục đề nghị cơ quan có thẩm quyền xem xét, giải quyết về việc ưu đãi thuế TNDN của Nhà máy Cần Thơ theo Giấy chứng nhận đầu tư được cấp để bảo đảm quyền lợi cho doanh nghiệp.
Về vấn đề này, Bộ Tài chính trả lời như sau:
Theo Điều 17, Điều 18 Luật Thuế TNDN số 09/2003/QH11:
“Điều 17. Miễn thuế, giảm thuế cho dự án đầu tư thành lập cơ sở kinh doanh hợp tác xã, cơ sở kinh doanh di chuyển địa điểm
1. Dự án đầu tư thành lập cơ sở kinh doanh mới thuộc ngành nghề, lĩnh vực, địa bàn khuyến khích đầu tư, hợp tác xã được áp dụng thuế suất 20%, 15%, 10%.
2. Dự án đầu tư thành lập cơ sở kinh doanh mới thuộc ngành nghề, lĩnh vực, địa bàn khuyến khích đầu tư và cơ sở kinh doanh di chuyển địa điểm theo quy hoạch, cơ sở kinh doanh di chuyển đến địa bàn khuyến khích đầu tư được miễn thuế tối đa là 4 năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa là 9 năm tiếp theo…
Điều 18. Miễn thuế, giảm thuế đối với các cơ sở kinh doanh đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mởrộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất…”.
Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế TNDN có quy định cụ thể mức ưu đãi thuế suất thuế TNDN và số năm miễn thuế, giảm thuế TNDN đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư vào ngành nghề, lĩnh vực ưu đãi đầu tư, địa bàn ưu đãi đầu tư và cơ sở kinh doanh đang hoạt động có đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất.
Liên quan đến kiến nghị của Công ty, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có Công văn số 3286/BKHĐT-QLKKT ngày 27/5/2015 gửi Bộ Tài chính.
Trên cơ sở ý kiến của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính đã có Công văn số 8831/BTC-TCT ngày 30/6/2015 gửi UBND TP. Cần Thơ và Công ty TNHH Nước giải khát Suntory Pepsico Việt Nam theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật về thuế.
Căn cứ quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN nêu trên, trường hợp Công ty được thành lập theo Giấy phép đầu tư số 291/GP ngày 24/12/1991 của Ủy ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư cấp, đăng ký lại theo Giấy chứng nhận đầu tư số 411043000316 do UBND TP. Hồ Chí Minh cấp ngày 27/9/2007; Công ty có trụ sở tại Quận 1, TP. Hồ Chí Minh. Năm 2008, Công ty thực hiện một dự án đầu tư được thành lập dưới hình thức chi nhánh tại Cần Thơ và Chi nhánh được cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 57221000042 ngày 24/1/2008 thì Chi nhánh tại Cần Thơ được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện đầu tư mở rộng.