Nguyên nhân thứ nhất là do hầu hết hồ của Hà Nội là hồ điều hòa, vẫn còn nước thải chảy vào, gây nên hiện tượng tái ô nhiễm nước hồ.
Thứ hai, thời tiết thay đổi, dẫn tới thiếu oxy trong nước, hàm lượng DO (lượng oxy hòa tan trong nước cần thiết cho sự hô hấp của thủy sinh) thấp.
Thứ ba, do người dân vẫn xả thẳng rác thải và xả thải trái phép vào hồ.
Thứ tư, do hiện tượng cho phép nuôi, thả cá kinh doanh làm ảnh hưởng trực tiếp đến môi trường hồ.
Hà Nội hiện có hơn 117 ao hồ, đa số đều bị ô nhiễm bởi nước thải, trầm tích, bùn đáy; đặc biệt, ở các hồ lưu lượng nước thải chảy vào đã vượt quá khả năng tự làm sạch của hồ, gây ô nhiễm hữu cơ, dầu mỡ, kim loại nặng, vi sinh.
Ngoài ra, xung quanh các hồ thường có nhiều hàng quán, gây mất vệ sinh môi trường. Tại nhiều nơi, việc đổ rác, phế thải xuống hồ còn khá phổ biến, làm thu hẹp diện tích mặt nước và gây ô nhiễm môi trường.
Kết quả quan trắc tại một số hồ nội thành do Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường Hà Nội thực hiện cho thấy, trong giai đoạn 2011-2016, chất lượng nước hồ tại các khu vực nội thành đã và đang ô nhiễm, hầu hết các giá trị hàm lượng đều vượt ngưỡng quy chuẩn cho phép.
Đáng chú ý, trong giai đoạn 2011-2015 và 3 tháng đầu năm 2016, trong số tất cả các hồ được lựa chọn để lấy mẫu quan trắc, đánh giá chất lượng nước thì hồ Giáp Bát và hồ Văn Quán có chất lượng nước kém nhất.
Để khắc phục tình trạng này, trong năm 2016, Thành phố đã chỉ đạo Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội thực hiện xử lý ô nhiễm 58 hồ bằng chế phẩm Redoxy theo công nghệ của Đức và sẽ tiếp tục nhân rộng mô hình này nhằm cải thiện chất lượng nước các hồ; đẩy nhanh dự án cải tạo hồ; lắp đặt trạm quan sát tự động, kiểm soát chất lượng nước tại một số hồ (Hoàn Kiếm, hồ Tây); tập trung nguồn lực cho việc xử lý ô nhiễm nước sông, hồ.
Đặc biệt, Hà Nội sẽ đẩy mạnh tuyên truyền nâng cao nhận thức cộng đồng sống xung quanh hồ về bảo vệ môi trường hồ cũng như bảo vệ môi trường chung của Thành phố.
Trước đó, có hiện tượng cá chết tại nhiều hồ trong nội thành Hà Nội như Ngọc Khánh, Linh Đàm, Văn Quán… Đặc biệt hồi đầu tháng 10, khoảng 200 tấn cá Hồ Tây đã chết.
CM