Tuy nhiên theo Thông tư số 151/2014/TT-BTC hướng dẫn thì chu kỳ kê khai thuế GTGT ổn định 3 năm. Do đó, trong năm 2018 Bệnh viện vẫn tiếp tục kê khai thuế GTGT theo quý.
Qua Hệ thống Tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Bệnh viện Nhi đồng Thành phố hỏi, Bệnh viện áp dụng khai thuế GTGT theo quý cho năm 2018 như vậy có chính xác không? Năm 2019 và 2020 thì Bệnh viện sẽ khai thuế GTGT theo tháng hay quý?
Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:
Trường hợp Bệnh viện Nhi đồng Thành phố theo thông tin đăng ký thuế trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế (TMS) thì ngày đăng ký bắt đầu hoạt động kinh doanh là ngày 1/10/2016.Căn cứ Khoản 1 Điều 10, Khoản 2 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về nguyên tắc tính thuế, khai thuế và căn cứ Điều 15 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điểm b, Khoản 2, Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT- BTC hướng dẫn về khai thuế GTGT theo quý thì kỳ tính thuế đầu tiên Bệnh viện sẽ thực hiện kê khai thuế GTGT theo quý và ổn định cho đến hết năm 2017.
Sang năm 2018, căn cứ tổng doanh thu trên các Tờ khai thuế GTGT của các kỳ tính thuế trong năm 2017 (đủ 12 tháng) nếu trên 50 tỷ đồng thì Bệnh viện Nhi đồng Thành phố thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo tháng và sẽ thực hiện khai thuế ổn định trọn năm dương lịch theo chu kỳ 3 năm, từ ngày 1/1/2018 đến hết ngày 31/12/2020.