Theo Quyết định, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là tổ chức phối hợp liên ngành, giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam theo quy định của Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững lưu vực sông Mê Công, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, đôn đốc việc phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương, các tổ chức, đối tác quốc tế, khu vực, trong nước và các cá nhân có liên quan trong theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động liên ngành trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành, địa phương và các tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững lưu vực sông Mê Công và các quy chế, thủ tục liên quan; thực hiện các quy hoạch về tài nguyên nước và các quy hoạch ngành quốc gia, quy hoạch tỉnh, quy hoạch liên tỉnh, liên ngành, quy hoạch có tính chất kỹ thuật, chuyên ngành có nội dung khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk; thực hiện các chương trình, đề án, dự án đã được phê duyệt trên các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San- Srêpốk.
Đồng thời, phối hợp với các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố liên quan trình Thủ tướng Chính phủ các chương trình, đề án, dự án, hoạt động về phát triển bền vững, sử dụng, quản lý và bảo vệ tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là đầu mối hợp tác với các quốc gia trong lưu vực Mê Công, các tổ chức phi chính phủ, các tổ chức quốc tế để cụ thể hoá và tổ chức thực hiện Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững lưu vực sông Mê Công; phối hợp, tham gia ý kiến đối với các hoạt động trong khuôn khổ các cơ chế hợp tác tiểu vùng Mê Công có liên quan.
Tổ chức nghiên cứu khoa học công nghệ và đề xuất các giải pháp giảm thiểu tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của các quốc gia thượng nguồn tới các vùng lãnh thổ của Việt Nam thuộc lưu vực sông Mê Công trong bối cảnh biến đổi khí hậu; tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam trong lưu vực sông Mê Công có tác động xuyên biên giới.
Theo dõi, giám sát diễn biến tài nguyên nước, các hoạt động sử dụng, bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công nhằm đảm bảo sử dụng công bằng và hợp lý nguồn nước sông Mê Công, bảo vệ quyền lợi của Việt Nam thông qua quy hoạch tổng thể, các dự án hợp tác và nghiên cứu khoa học công nghệ cho lưu vực Mê Công, đặc biệt là các dự án trên dòng chính.
Xây dựng cơ sở dữ liệu về tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công phục vụ việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam và các cam kết quốc tế có liên quan; tổ chức tuyên truyền về phát triển bền vững, sử dụng, quản lý hiệu quả và bảo vệ tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công; huy động các nguồn lực trong nước và quốc tế để hỗ trợ việc thực hiện các nhiệm vụ về tài nguyên nước và bảo vệ môi trường trên các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk...
Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam.
Phó Chủ tịch gồm: Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường (Phó Chủ tịch Thường trực); Thứ trưởng Bộ Ngoại giao và Thứ trưởng Bộ Tài chính.
Ủy viên của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là đại diện lãnh đạo các Bộ: Công Thương, Xây dựng, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Quốc phòng, Công an. Chánh Văn phòng Ủy ban sông Mê Công Việt Nam kiêm Ủy viên Ủy ban Liên hợp Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam.
Ngoài ra, Ủy viên của Ủy ban còn có đại diện lãnh đạo các Cục: Quản lý tài nguyên nước, Môi trường, Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai, Quản lý và Xây dựng công trình thủy lợi thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Đại diện lãnh đạo của Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố có diện tích/ địa giới hành chính thuộc lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San -Srêpốk, bao gồm: An Giang, Cà Mau, Cần Thơ, Đắk Lắk, Đồng Tháp, Gia Lai, Lâm Đồng, Tây Ninh, Vĩnh Long, và Quảng Ngãi.
Đại diện lãnh đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam; đại diện một số tổ chức khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước có quy mô lớn hoặc có tác động lớn tới nguồn nước của lưu vực sông Mê Công; các nhà khoa học; các tổ chức chính trị - xã hội được mời tham gia các cuộc họp của Ủy ban và các Tiểu ban khi cần thiết.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San - Srêpốk.
Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là tổ chức giúp việc Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, đặt tại Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có Văn phòng đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Lãnh đạo Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có Chánh Văn phòng, không quá 03 Phó Chánh Văn phòng chuyên trách do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Chủ tịch Ủy ban bổ nhiệm, miễn nhiệm.
Phương Nhi