Kết luận nêu rõ: Đến thời điểm thanh tra, Khu đô thị mới Thủ Thiêm đã giải phóng mặt bằng trên 99%; công tác đền bù, hỗ trợ giải phóng mặt bằng, tái định cư cơ bản được thực hiện theo quy định; ký hợp đồng với một số nhà đầu tư dự án, chủ yếu theo hình thức BT như: 4 tuyến đường chính; Cầu Thủ Thiêm 2; Hạ tầng kỹ thuật Khu dân cư phía Bắc, hoàn thiện đường trục Bắc-Nam đoạn từ chân Cầu Thủ Thiêm 1 đến đường Mai Chí Thọ...
Trong những năm qua, đứng trước nhiều khó khăn, biến động khó lường về kinh tế, xã hội trong và ngoài nước, nhất là thị trường bất động sản có thời gian bị khủng khoảng; hơn nữa đây là Khu đô thị với quy mô rất lớn, số lượng, phạm vi các hộ dân bị ảnh hưởng rộng lớn; nhưng với sự nỗ lực, cố gắng của các cấp, các ngành và UBND Thành phố Hồ Chí Minh trong việc kêu gọi, thu hút nhà đầu tư để triển khai thực hiện, Khu đô thị mới Thủ Thiêm đã dần hình thành một khu đô mới thị hiện đại.
Tuy nhiên, Kết luận chỉ rõ trong quá trình thực hiện đầu tư, xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm, UBND Thành phố và các sở, ngành liên quan đã có nhiều khuyết điểm, vi phạm.
Liên quan đến việc chấp hành pháp luật trong quy hoạch, quản lý sử dụng đất đai, UBND Thành phố ban hành Điều lệ Quản lý xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm chưa đầy đủ, kịp thời; không thực hiện việc lập các dự án theo thứ tự ưu tiên và trình duyệt theo quy định, theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ... Vi phạm này dẫn đến việc đầu tư xây dựng các dự án thiếu đồng bộ, khó quản lý; có nơi buông lỏng quản lý, chậm triển khai đầu tư xây dựng.
Các cơ quan chức năng liên quan của Thành phố đã đề xuất và được Thường trực Thành ủy, UBND Thành phố phê duyệt chi phí đầu tư bình quân cho 1m2 đất thương mại- dịch vụ - nhà ở là 26 triệu đồng/m2. Chi phí đầu tư bình quân này chênh lệch giảm khoảng 50% so với đơn giá đã được các sở, ngành đề xuất ban đầu với lý do loại bớt một số chi phí cho các hạng mục công trình đã được phê duyệt quy hoạch có tổng giá trị là 17.042 tỷ đồng (gồm: Quảng trường trung tâm, công viên bờ sông Sài Gòn, Khu lâm viên sinh thái phía Nam, 6 trường công lập và 5 cây cầu nối từ Trung tâm Thành phố qua Khu đô thị mới Thủ Thiêm) là không đầy đủ và không đúng quy định.
Ngoài ra, khi đề xuất phương án giá trên, các sở, ngành và UBND Thành phố đã không tính lãi đối với khoản tiền được tạm ứng từ ngân sách nhà nước, dẫn đến, tổng mức đầu tư đã xác định và phê duyệt là không đúng quy định. Việc UBND Thành phố và các sở, ngành lấy giá 26 triệu đồng/m2 làm giá tối thiểu để xác định giá trị quyền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư hoặc tự thỏa thuận khi giao đất cho nhà đầu tư tại các dự án trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm là không đầy đủ, thiếu chính xác và không đúng quy định.
Toàn bộ quỹ đất trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm là 221,68 ha được tạo ra bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, UBND Thành phố đã sử dụng chủ yếu để thanh toán đối ứng cho các dự án BT được chỉ định nhà đầu tư, nhất là các dự án đầu tư hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho chính Khu đô thị mới Thủ Thiêm, không thông qua hình thức đấu thầu dự án hoặc giao đất có thu tiền sử dụng đất không qua đấu giá quyền sử dụng đất là vi phạm các quy định về đấu thầu và quản lý sử dụng đất đai.
"Như vậy, UBND Thành phố đã sử dụng đơn giá bằng chi phí đầu tư bình quân là 26 triệu đồng/m2 không đầy đủ, thiếu chính xác, không đúng quy định làm giá tối thiểu để tính tiền sử dụng đất thanh toán đối ứng cho các dự án BT, nhất là các dự án đầu tư hạ tầng kỹ thuật phục vụ cho chính Khu đô thị mới Thủ Thiêm đã được chỉ định nhà đầu tư, hoặc giao đất có thu tiền sử dụng đất không thông qua hình thức đấu giá đất theo quy định. Từ đó, các nhà đầu tư được hưởng lợi do chênh lệch giá đất lớn (chênh lệch địa tô) từ việc được đầu tư hạ tầng kỹ thuật chính theo hình thức hợp đồng BT", kết luận thanh tra nêu rõ.
Nguyên nhân và trách nhiệm chính đã để xảy ra các khuyết điểm, vi phạm trên là do lãnh đạo UBND Thành phố không thực hiện đầy đủ chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; trách nhiệm liên quan thuộc các sở, ngành như: Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Xây dựng, Ban Quản lý Khu đô thị mới Thủ Thiêm...
Cũng theo kết luận thanh tra, việc đầu tư Khu đô thị mới Thủ Thiêm còn mất cân đối vốn khoảng 8.734 tỷ đồng. Cụ thể, theo báo cáo của UBND Thành phố về đánh giá tổng quan cân đối vốn khi đầu tư Khu đô thị mới Thủ Thiêm và kết quả thanh tra, tổng chi phí phải trả là hơn 83.335 tỷ đồng (gồm chi phí đầu tư và lãi tiền tạm ứng từ ngân sách). Tổng thu dự kiến đến nay là hơn 74.601 tỷ đồng (bao gồm giá trị 55 lô đất còn lại tạm tính theo giá thẩm định tại thời điểm năm 2016). Trách nhiệm liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm nêu trên thuộc lãnh đạo UBND Thành phố và các sở, ngành như: Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Ban Quản lý Khu đô thị mới Thủ Thiêm.
Căn cứ kết quả thanh tra, Tổng thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND Thành phố thu hồi, hoàn trả ngay khoản tiền đã tạm ứng từ ngân sách Nhà nước không đúng quy định đã đầu tư cho Khu đô thị mới Thủ Thiêm, đến 30/9/2018 là hơn 26.315 tỷ đồng; sớm có giải pháp huy động các nguồn vốn hợp pháp để trả nợ các khoản vay ngân hàng đã đầu tư cho Khu đô thị mới này là trên 4.286 tỷ đồng...
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với các Bộ: Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Kế hoạch và Đầu tư, UBND Thành phố Hồ Chí Minh... xác định đúng chi phí đầu tư bình quân đối với diện tích đất sạch mà nhà nước đã dùng tiền ngân sách để đền bù, giải phóng mặt bằng, đầu tư hạ tầng Khu đô thị mới Thủ Thiêm. Trên cơ sở đó làm mức giá khởi điểm để đấu giá quyền sử dụng đất và lựa chọn nhà đầu tư dự án theo quy định. Trong đó, kiểm tra, làm rõ và báo cáo Thủ tướng đối với khoản lãi trên số tiền tạm ứng từ ngân sách nhà nước khoảng 10.503 tỷ đồng; xem xét, kiến nghị xử lý đối với khoản chênh lệch do xác định, trình và phê duyệt chi phí đầu tư bình quân 17.042 tỷ đồng. Các công việc nêu trên được đề nghị hoàn thành trước ngày 30/9/2019 để báo cáo Thủ tướng.
Kiến nghị để giao cho Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán, xác định lại tổng mức đầu tư, giá trị tiền sử dụng đất theo giá thị trường và quy định của pháp luật, nhằm tránh thất thoát tiền của Nhà nước, khắc phục tình trạng mất cân đối vốn như hiện nay đối với các dự án BT đang thực hiện trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm...
Thanh tra Chính phủ chuyển Kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với các tổ chức, cá nhân thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm được nêu trong Kết luận.