Công ty cổ phần Xây dựng và Phát triển Thương mại Hoàng Minh thành lập vào quý 4/2015 và đã đăng ký áp dụng tính thuế theo phương pháp khấu trừ kể từ tháng 10/2015. Theo Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 thì đến năm 2016 Công ty phải đăng ký lại phương pháp tính thuế nếu doanh thu đến quý 3/2016 dưới 1 tỷ đồng. Tuy nhiên do hiểu sai hướng dẫn của Thông tư nêu trên nên Công ty đã không đăng ký lại. Ngày 17/1/2017, Chi cục Thuế huyện Hoài Đức thông báo Công ty chuyển áp dụng tính thuế theo phương pháp trực tiếp.
Hiện Công ty hoạt động trong lĩnh vực xây dựng, năm 2017 (kể cả trước thời điểm 17/1/2017) đã xuất nhiều hóa đơn cho khách hàng. Do đó, việc thu hồi hóa đơn để chuyển sang phương pháp tính thuế trực tiếp gây khó khăn cho doanh nghiệp. Đến quý 1/2017 doanh thu của Công ty ước tính đạt 3,8 tỷ đồng và thuế GTGT phải nộp là 50 triệu đồng. Công ty đã gửi văn bản đến Cục Thuế TP. Hà Nội để kiến nghị về việc gia hạn nộp đăng ký phương pháp tính thuế nhưng đến nay vẫn chưa nhận được phản hồi.
Cũng liên quan đến vấn đề này, Công ty TNHH Dược phẩm An Gia Hưng do sơ xuất đã không nộp Mẫu số 06/GTGT áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ trong năm 2016 và 2017 trước ngày 20/12/2016. Vì vậy, Chi cục Thuế quận Thanh Xuân đã có thông báo (bằng thư điện tử) gửi Công ty về việc phải thực hiện tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trong năm 2017. Do không kiểm tra email kịp thời nên công ty đã xuất một số hóa đơn khấu trừ trong Quý I/2017.
Công ty hiện gặp rất nhiều khó khăn trong kinh doanh, các khách hàng không muốn nhận hóa đơn bán hàng trực tiếp nên nhiều đơn vị đối tác đã chuyển sang nhà cung cấp khác. Công ty TNHH Dược phẩm An Gia Hưng đề nghị cơ quan chức năng xem xét, tháo gỡ khó khăn cho phép Công ty được thực hiện tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ trong năm 2017.
Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
Căn cứ Điều 10 Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 quy định về phương pháp khấu trừ thuế; Khoản 4, Điều 7 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 quy định phương pháp khấu trừ thuế; Khoản 3, Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính về đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
Trường hợp Công ty cổ phần Xây dựng và Phát triển Thương mại Hoàng Minh thành lập quý 4/2015, hoạt động trong lĩnh vực xây dựng, tại thời điểm thành lập Công ty đã đăng ký áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì đề nghị Cục Thuế TP. Hà Nội xem xét, trường hợp xác định năm 2016 Công ty có doanh thu dưới 1 tỷ đồng, theo trình bày Công ty đề xuất được tiếp tục áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ từ năm 2017 thì Cục Thuế hướng dẫn Công ty nộp Mẫu 06/GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Chi cục Thuế huyện Hoài Đức) để đăng ký áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ từ năm 2017.
Đối với trường hợp Công ty TNHH Dược phẩm An Gia Hưng thành lập năm 2015, tại thời điểm thành lập Công ty đã gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (Mẫu số 06/GTGT) cho cơ quan quản lý trực tiếp (Chi cục Thuế quận Thanh Xuân) và được chấp thuận áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ năm 2015, 2016 thì đề nghị Cục Thuế TP. Hà Nội xem xét, trường hợp xác định năm 2016 Công ty có doanh thu dưới 1 tỷ đồng, Công ty có nhu cầu tiếp tục áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ từ năm 2017 thì Cục Thuế hướng dẫn Công ty nộp Mẫu số 06/GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Chi cục Thuế quận Thanh Xuân) để đăng ký áp dụng tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ từ năm 2017.
Chinhphu.vn