Về vấn đề này, Bộ Tài chính trả lời như sau:
Điểm b, Khoản 1, Điều 3 Nghị định số 197/2004/NĐ-CP ngày 3/12/2004 của Chính phủ về bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất quy định, “Tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất có trách nhiệm chi trả trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư theo quy định của Nghị định này và được trừ vào số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp”.
Theo Khoản 2, Điều 3 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước, “Trường hợp nhà đầu tư thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã được phê duyệt theo chính sách bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất trước ngày 1/10/2009 thì được trừ chi phí bồi thường đất, hỗ trợ đất vào tiền thuê đất phải nộp, mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp”.
Khoản 3, Điều 34 Nghị định số 47/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất quy định, “Trường hợp đã có quyết định thu hồi đất và có phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được phê duyệt theo quy định của pháp luật về đất đai trước ngày 1/7/2014 thì tiếp tục thực hiện theo phương án đã phê duyệt”.
Tại Khoản 11, Điều 31 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định, “Trường hợp nhà đầu tư thực hiện ứng trước tiền bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo chính sách bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất theo quy định tại Luật Đất đai năm 2003 nhưng chưa khấu trừ hết vào số tiền thuê đất phải nộp hàng năm theo quy định của pháp luật từng thời kỳ thì tiếp tục được khấu trừ số tiền còn lại đã được cơ quan có thẩm quyền xác định và được quy đổi ra số năm, tháng tương ứng phải nộp tiền thuê đất và được xác định là số năm, tháng đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm”.
Căn cứ các quy định nêu trên, hộ kinh doanh ông Hoàng Long được UBND huyện Chương Mỹ cho thuê đất tại thị trấn Chúc Sơn để xây dựng nhà xưởng sản xuất đồ gỗ mỹ nghệ, hàng gốm sứ và hàng điện tử theo Quyết định số 2395/UB-UBND ngày 14/7/2008. Hộ kinh doanh ông Hoàng Long đã thực hiện ứng trước tiền bồi thường hỗ trợ theo quy định tại Nghị định số 147/2004/NĐ-CP, phương án được UBND huyện Chương Mỹ phê duyệt theo Quyết định số 1612/QĐ-UBND ngày 7/5/2008.
Thực hiện chỉ đạo của UBND TP. Hà Nội, hộ kinh doanh ông Hoàng Long chuyển đổi thành Công ty TNHH Đồ gỗ Hoàng Long, không thay đổi chủ sở hữu và đại diện pháp luật của Công ty vẫn do ông Hoàng Long làm Giám đốc. Ngày 26/7/2016, UBND TP. Hà Nội có Quyết định số 2047/QĐ-UBND cho Công ty TNHH Đồ gỗ Hoàng Long tiếp tục thuê đất (diện tích cũ do hộ kinh doanh ông Hoàng Long đang làm nhà xưởng sản xuất đồ gỗ mỹ nghệ, hàng gốm sứ và hàng điện tử) để tiếp tục thực hiện dự án sản xuất đồ gỗ mỹ nghệ, hàng gốm sứ và hàng điện tử.
Trường hợp hộ kinh doanh ông Hoàng Long chuyển thành Công ty TNHH Đồ gỗ Hoàng Long không thay đổi chủ sở hữu và đại diện theo pháp luật của Công ty là ông Hoàng Long và mục đích sử dụng đất không thay đổi, nếu chưa khấu trừ hết tiền bồi thường về đất, hỗ trợ về đất vào số tiền thuê đất phải nộp thì tiếp tục được khấu trừ số tiền còn lại đã được cơ quan có thẩm quyền xác định vào tiền thuê đất phải nộp, mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp, số tiền còn lại (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án theo quy định tại Khoản 11, Điều 31 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP của Chính phủ.