Ngày 07 tháng 8 năm 2008, tại trụ sở Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã chủ trì cuộc họp Thường trực Chính phủ để xem xét tính hợp pháp của Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BYT-BNV ngày 25 tháng 4 năm 2008 của Bộ Nội vụ và Bộ Y tế hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Y tế, Phòng Y tế thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện. Tham dự cuộc họp có Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Trần Văn Tuấn, Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Quốc Triệu, Thứ trưởng Bộ Tư pháp Hoàng Thế Liên và Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Trần Quốc Toản.
Sau khi nghe Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc báo cáo, ý kiến phát biểu của Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân, các Bộ trưởng, Thứ trưởng Hoàng Thế Liên và Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Trần Quốc Toản, Thủ tướng Chính phủ đã kết luận như sau:
1. Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BYT-BNV ngày 25 tháng 4 năm 2008 của Bộ Nội vụ và Bộ Y tế hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Y tế, Phòng Y tế thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện được ban hành để đáp ứng yêu cầu của thực tế, nhưng có một số nội dung chưa phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành.
2. Để khắc phục, giao Bộ Nội vụ chủ trì, phối hợp với các Bộ, cơ quan có liên quan khẩn trương xây dựng dự thảo Nghị định quy định về quản lý nhà nước đối với tổ chức và hoạt động của các đơn vị sự nghiệp dịch vụ công, trình Chính phủ trước ngày 01 tháng 10 năm 2008.