Tỉnh ủy Bình Dương cũng chỉ ra việc ông Khanh đã đề xuất Ban Thường vụ Thị ủy một số vấn đề không phù hợp, thiếu cân nhắc về thời điểm, thiếu chỉ đạo, kiểm tra, giám sát trong công tác cán bộ; can thiệp quá sâu vào công việc của chính quyềnTrước đó, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Bình Dương tiến hành kiểm tra, chỉ ra nhiều sai phạm của ông Khanh trong thời gian giữ các chức vụ Bí thư, Chủ tịch UBND, Chủ tịch HĐND thị xã Bến Cát. Ông đã không đề xuất tham mưu cho tập thể, thường trực, Ban Thường vụ Thị ủy bàn bạc, quyết định một số vấn đề quan trọng mà tự quyết định thay cho tập thể. Ủy Ban kiểm tra.