Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh có ý kiến như sau:
Khoản 1, Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT (có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2014) quy định đối tượng không chịu thuế GTGT là "Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác...".
Khoản 5, Điều 5 Thông tư trên quy định các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT:
"Doanh nghiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hoá đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại Khoản 5, Điều 10 Thông tư này.
Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu...
Trường hợp sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã đã lập hoá đơn, kê khai, tính thuế GTGT thì người bán và người mua phải điều chỉnh hoá đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản này".
Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT
Tại Khoản 11, Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: "Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ Khoản 2, Khoản 3, Điều 5) được khấu trừ toàn bộ".
Đồng thời, căn cứ Công văn số 4583/TCT-CS ngày 4/11/2015 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về thuế GTGT đối với thức ăn chăn nuôi, trường hợp Công ty nơi bà Nguyệt làm việc thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ mua các mặt hàng cám, tấm (cám, tấm được tạo ra từ quá trình xay, xát), bắp là sản phẩm trồng trọt chưa qua chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho các doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Trường hợp nếu bán cho hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5%. Thuế GTGT đầu vào phục vụ cho việc bán các mặt hàng nêu trên Công ty được khấu trừ toàn bộ (nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định).