Theo đó, Bộ Giao thông vận tải là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về giao thông vận tải đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công theo quy định của pháp luật.
Bộ Giao thông vận tải thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ; Nghị định số 101/2020/NĐ-CP ngày 28/8/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2016/NĐ-CP và nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể.
Trong đó, về kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải và hàng không dân dụng, Bộ Giao thông vận tải có nhiệm vụ trình Chính phủ quy định về quản lý và bảo vệ kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng theo quy định của pháp luật; chỉ đạo việc tổ chức thực hiện quy hoạch, kế hoạch phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông đã được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về kết cấu hạ tầng giao thông (trừ quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về kết cấu hạ tầng giao thông đô thị) và quy định việc quản lý, khai thác, bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông theo thẩm quyền.
Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của bộ quản lý công trình xây dựng chuyên ngành, cơ quan chủ quản quản lý các chương trình, dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng giao thông; công bố danh mục dự án gọi vốn đầu tư và hình thức đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông theo quy định của pháp luật.
Tổ chức thực hiện, hướng dẫn, kiểm tra việc quản lý, khai thác, bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông; quản lý, khai thác tài sản kết cấu hạ tầng giao thông thuộc phạm vi được giao quản lý theo quy định của pháp luật.
Trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quyết định hoặc quyết định theo thẩm quyền việc công bố, phân loại, đặt tên, điều chỉnh, đóng, mở, tháo dỡ, đưa vào khai thác, dừng, tạm dừng khai thác công trình đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng theo quy định của pháp luật.
Tổ chức thực hiện việc đăng ký, cấp giấy chứng nhận, giấy phép theo thẩm quyền và quy định của pháp luật.
Về phương tiện giao thông, các tổng thành, hệ thống, linh kiện phụ tùng của phương tiện giao thông; phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển; phương tiện, thiết bị xếp dỡ, thi công chuyên dùng; máy, thiết bị, vật tư có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn, vệ sinh lao động trong giao thông vận tải (trừ phương tiện phục vụ vào mục đích quốc phòng, an ninh và tàu cá) và trang bị, thiết bị kỹ thuật chuyên dùng:
Bộ Giao thông vận tải quy định việc đăng ký, cấp biển số phương tiện giao thông đường sắt, đường thủy nội địa và xe máy chuyên dùng tham gia giao thông; tổ chức thực hiện việc đăng ký phương tiện giao thông đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng theo thẩm quyền và quy định của pháp luật.
Quy định chất lượng an toàn kỹ thuật, bảo vệ môi trường, an toàn vệ sinh lao động đối với phương tiện giao thông; phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển.
Quy định và hướng dẫn thực hiện tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật, việc kiểm định, kiểm tra, thử nghiệm, chứng nhận chất lượng an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường, quản lý hoạt động công bố hợp quy, chứng nhận hợp quy của phương tiện giao thông cơ giới đường bộ, các tổng thành, hệ thống, linh kiện phụ tùng của phương tiện; phương tiện giao thông đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không dân dụng; phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển; các phương tiện, thiết bị xếp dỡ, thi công chuyên dùng, các công trình, phương tiện, thiết bị chuyên dùng sử dụng trong giao thông vận tải và các mục đích khác theo quy định của pháp luật.
Cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện bay của tàu bay; cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện bay xuất khẩu đối với tàu bay, động cơ tàu bay, cánh quạt tàu bay khi xuất khẩu; cấp hoặc công nhận Giấy chứng nhận loại đối với tàu bay, động cơ tàu bay, cánh quạt tàu bay khi sản xuất tại Việt Nam hoặc nhập khẩu;
Quy định việc thẩm định thiết kế kỹ thuật trong sản xuất, lắp ráp, sửa chữa, hoán cải, nhập khẩu phương tiện giao thông; phương tiện, thiết bị xếp dỡ, thi công chuyên dùng; phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển và trang bị, thiết bị kỹ thuật chuyên ngành giao thông vận tải theo quy định của pháp luật.
Cấp giấy phép cho cơ sở thiết kế, sản xuất, sửa chữa, bảo dưỡng hoặc thử nghiệm tàu bay, động cơ tàu bay, cánh quạt tàu bay và trang bị, thiết bị tàu bay tại Việt Nam; quy định điều kiện, thủ tục cấp giấy phép khai thác cho các cơ sở cung cấp dịch vụ bảo đảm hoạt động bay, hệ thống kỹ thuật và thiết bị bảo đảm hoạt động bay; ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia của cơ sở đóng mới, sửa chữa tàu biển, phương tiện thủy nội địa; quy định điều kiện, tiêu chuẩn của cơ sở kiểm định chất lượng an toàn kỹ thuật, bảo vệ môi trường đối với phương tiện giao thông, phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển và các phương tiện, thiết bị, công trình khác theo quy định của pháp luật.
Xây dựng danh mục sản phẩm, hàng hóa có khả năng gây mất an toàn theo quy định; ban hành quy trình kiểm định, quản lý các loại máy, thiết bị, vật tư, chất có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn, vệ sinh lao động thuộc thẩm quyền quản lý; tổ chức cấp, cấp lại, gia hạn, thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động kiểm định xe cơ giới, giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động kiểm định kỹ thuật an toàn lao động theo thẩm quyền.
Bộ Giao thông vận tải quy định việc đào tạo, huấn luyện, sát hạch, cấp, công nhận, thu hồi giấy phép, bằng, chứng chỉ chuyên môn cho người điều khiển phương tiện giao thông, người vận hành phương tiện, thiết bị chuyên dùng trong giao thông vận tải (trừ người điều khiển phương tiện, thiết bị chuyên dùng phục vụ vào mục đích quốc phòng, an ninh và tàu cá); đăng kiểm viên, nhân viên nghiệp vụ kiểm định và đối tượng làm việc đặc thù trong lĩnh vực giao thông vận tải theo thẩm quyền.
Cơ cấu tổ chức của Bộ Giao thông vận tải gồm: 1- Vụ Kế hoạch - Đầu tư; 2- Vụ Tài chính; 3- Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông; 4- Vụ Vận tải; 5- Vụ Pháp chế; 6- Vụ Khoa học - Công nghệ và Môi trường; 7- Vụ Hợp tác quốc tế; 8- Vụ Tổ chức cán bộ; 9- Thanh tra; 10- Văn phòng; 11- Cục Đường bộ Việt Nam; 12- Cục Đường cao tốc Việt Nam; 13- Cục Hàng hải Việt Nam; 14- Cục Hàng không Việt Nam; 15- Cục Đường sắt Việt Nam; 16- Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; 17- Cục Đăng kiểm Việt Nam; 18- Cục Quản lý đầu tư xây dựng; 19- Trung tâm Công nghệ thông tin; 20- Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải; 21- Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải; 22- Báo Giao thông; 23- Tạp chí Giao thông vận tải.
Các tổ chức quy định từ (1) đến (18) nêu trên là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ (19) đến (23) là đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường bộ Việt Nam có con dấu hình Quốc huy.
Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có các Cảng vụ trong cơ cấu tổ chức của Cục. Các Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa là tổ chức hành chính tương đương Chi cục thuộc Cục thuộc bộ.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức trực thuộc bộ; trình Thủ trướng Chính phủ ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc bộ.
Nghị định nêu rõ, Vụ Quản lý doanh nghiệp tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ Giao thông vận tải hoàn thành việc tái cơ cấu Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Cục Y tế Giao thông vận tải tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ Giao thông vận tải hoàn thành việc bàn giao nguyên trạng các cơ sở y tế thuộc Cục Y tế Giao thông vận tải về địa phương quản lý và Trung tâm Y tế - Môi trường lao động Giao thông vận tải được thành lập theo quy định tại Quyết định số 1922/QĐ-TTg ngày 25/11/2020 của Thủ tướng Chính phủ.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Đường bộ Việt Nam, Cục Đường cao tốc Việt Nam, bảo đảm kế thừa các nhiệm vụ, quyền hạn của Tổng cục Đường bộ Việt Nam theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên cho đến khi cơ quan có thẩm quyền ban hành hoặc sửa đổi, bổ sung các quy định của pháp luật có liên quan.
Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi cơ quan có thẩm quyền hoàn thành việc sắp xếp đối với các đơn vị này.
Các Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa tiếp tục được áp dụng cơ chế tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định cho đến khi cơ quan có thẩm quyền quyết định thực hiện cải cách chính sách tiền lương theo Nghị quyết số 27-NQ/TW ngày 21/5/2018 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng.