Theo đó, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới tỉnh Hải Dương là đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, trực thuộc Sở Y tế; có chức năng tham mưu, giúp Sở Y tế về các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS trên địa bàn tỉnh; tiếp nhận, tư vấn, khám bệnh, chữa bệnh nội, ngoại trú cho bệnh nhân truyền nhiễm, bệnh nhiệt đới, HIV/AIDS, bệnh nhân nghiện các chất dạng thuốc phiện bằng thuốc thay thế trên địa bàn tỉnh; hướng dẫn, đào tạo chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về chuyên khoa bệnh truyền nhiễm, nhiệt đới và HIV/AIDS cho các cơ sở khám, chữa bệnh tuyến dưới; tổ chức thực hiện các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS tại cộng đồng trên địa bàn tỉnh theo quy định.
Cơ cấu tổ chức của Bệnh viện như sau: Lãnh đạo Bệnh viện, gồm có Giám đốc và không quá 2 Phó Giám đốc.
Các phòng chức năng, gồm có: Phòng Hành chính tổng hợp; Phòng Kế hoạch - Chỉ đạo tuyến.
Các khoa chuyên môn, gồm có 6 khoa: Khoa Khám bệnh; Khoa Cấp cứu- Hồi sức tích cực và chống độc; Khoa Nội tổng hợp; Khoa Điều trị HIV/AIDS; Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh./.