Công ty TNHH Phát triển thương mại tổng hợp Thiên Lộc (TP. Hà Nội) khi mới thành lập có địa chỉ hoạt động tại quận Tây Hồ, nộp đăng ký phương pháp kê khai thuế GTGT theo mẫu số 06/GTGT tại Chi cục Thuế quận Tây Hồ. Trong năm 2016, Công ty đã sử dụng 4 số hóa đơn GTGT tự đặt in qua mạng theo quy định.
Tuy nhiên đến ngày 20/6/2017, Công ty chuyển địa chỉ đăng ký kinh doanh về huyện Hoài Đức nhưng chưa nộp mẫu 06/GTGT cho cơ quan thuế chủ quản trước đó nên Công ty đang phải kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp.
Cũng gặp vướng mắc về việc chậm nộp mẫu 06/GTGT, theo quy định, Công ty TNHH Năng lượng bền vững Việt Nga (TP. Hồ Chí Minh) phải nộp mẫu 06/GTGT chậm nhất vào ngày 20/12/2016 cho năm 2017 và năm 2018. Tuy nhiên, thời gian nộp mẫu 06/GTGT trùng với thời điểm Công ty chuyển giao kế toán dẫn đến việc Công ty không nộp mẫu 06/GTGT theo đúng thời gian quy định.
Ngày 4/5/2017, Công ty được Chi cục Thuế Quận 2 mời lên giải trình tình hình sử dụng hóa đơn quý 1/2017 và được biết Công ty chưa nộp mẫu 06/GTGT, do vậy phải áp dụng kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp cho năm 2017.
Sau khi được Chi Cục Thuế Quận 2 hướng dẫn Công ty đã nộp mẫu 06/GTGT theo quy định vào ngày 9/5/2017 và được cơ quan thuế tiếp nhận đóng mộc trễ hạn. Đồng thời yêu cầu Công ty chờ khi nào có văn bản chỉ đạo mới được giải quyết, nếu không, Công ty vẫn phải sử dụng phương pháp kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp.
Qua Hệ thống tiếp nhận, trả lời kiến nghị của doanh nghiệp, Công ty TNHH Phát triển thương mại tổng hợp Thiên Lộc và Công ty TNHH Năng lượng bền vững Việt Nga đề nghị cơ quan chức năng xem xét cho doanh nghiệp được kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ.
Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính có ý kiến như sau:
Căn cứ tại quy định Khoản 4, Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 sửa đổi; bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT quy định về phương pháp khấu trừ thuế; Khoản 4, Điều 7 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ; Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính, trường hợp Công ty TNHH Năng lượng bền vững Việt Nga đã nộp mẫu 06/GTGT để đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định thì đề nghị Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh xem xét tiếp nhận thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (mẫu số 06/GTGT) do Công ty nộp ngày 9/5/2017 và hướng dẫn Công ty tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế từ năm 2017.
Đối với trường hợp Công ty TNHH Phát triển thương mại tổng hợp Thiên Lộc, Công ty đã nộp mẫu 06/GTGT để đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ tại Chi cục Thuế quận Tây Hồ và đã sử dụng 4 số hóa đơn GTGT trong năm 2016 thì được áp dụng ổn định phương pháp tính thuế trong hai năm liên tục là năm 2016 và năm 2017.
Vì vậy, Tổng cục Thuế đề nghị Cục thuế TP. Hà Nội chỉ đạo Chi cục Thuế quận Tây Hồ và Chi cục thuế huyện Hoài Đức phối hợp hướng dẫn để Công ty TNHH Phát triển thương mại tổng hợp Thiên Lộc tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế của năm 2017.
Chinhphu.vn