Theo cáo trạng và kết luận điều tra, với vai trò Chủ tịch HĐQT Saigon Co.op, bị can Diệp Dũng là người nắm rõ các quy định của pháp luật về hợp tác xã; Điều lệ, Quy chế hoạt động; Quy chế quản lý tài chính; Quy chế thu chi, các quy định liên quan của Saigon Co.op và có trách nhiệm biết việc hợp tác đầu tư thuộc thẩm quyền quyết định của HĐQT Saigon Co.op.
Tuy nhiên, từ tháng 6/2016 đến tháng 3/2018, bị can Diệp Dũng đã không thông qua HĐQT Saigon Co.op mà tự ý chỉ đạo cấp dưới thực hiện các thủ tục để bị can chuyển số tiền 1.000 tỷ đồng từ 3.000 tỷ đồng của Saigon Co.op huy động vốn nhằm thực hiện thương vụ Big C, mở rộng mạng lưới cho công ty Đô Thị Mới (700 tỷ đồng) và công ty Đại Á (300 tỷ đồng).
Việc bị can Diệp Dũng tự ý sử dụng số tiền của Saigon Co.op và tự ý điều chỉnh lợi nhuận cố định như trên đã gây thiệt hại cho Saigon Co.op số tiền hơn 115,6 tỷ đồng. Bị can Diệp Dũng thừa nhận hành vi lạm quyền của mình gây thiệt hại cho Saigon Co.op. Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan điều tra kết luận hành vi của bị can Diệp Dũng đã phạm vào tội "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ".
Cũng theo cáo trạng, quá trình điều tra, bị can Diệp Dũng đã thay đổi nhận thức và có thái độ hợp tác, thừa nhận hành vi phạm tội; có thành tích xuất sắc trong công tác, là con của liệt sĩ, phạm tội lần đầu nên được áp dụng các tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự theo điểm s, v, x khoản 1 Điều 51 Bộ luật Hình sự.
Đối với 2 bị can Tôn Thất Hào, Tổng Giám đốc Công ty Đại Á và Võ Thành Trung, Tổng Giám đốc Công ty Đô Thị Mới, cơ quan điều tra xác định: Việc phân chia lợi nhuận tại hợp đồng hợp tác giữa Saigon Co.op với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới đều không liên quan đến hoạt động của 2 công ty này.
Tuy nhiên, đến tháng 3/2018, sau khi Saigon Co.op đề nghị hoàn trả lại số tiền, 2 bị can đã thông qua nhiều người, lấy nhiều lý do để đề nghị Diệp Dũng điều chỉnh giảm lợi nhuận, gây thiệt hại cho Saigon Co.op. Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan điều tra kết luận hành vi của bị can Tôn Thất Hào và Võ Thành Trung đã phạm vào tội "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" với vai trò giúp sức.
Đối với bị can Nguyễn Thành Nhân, nguyên Tổng Giám đốc Saigon Co.op, cơ quan điều tra xác định: Với vai trò là Tổng Giám đốc Saigon Co.op, đồng thời là Ủy viên HĐQT Saigon Co.op, Nguyễn Thành Nhân được Diệp Dũng thông báo về việc sử dụng số tiền 1.000 tỷ đồng từ 3.000 tỷ đồng huy động vốn của Saigon Co.op để thực hiện việc hợp tác đầu tư và đồng ý cho bị can Hồ Mỹ Hòa thực hiện theo chỉ đạo của Diệp Dũng để ký kết hợp đầu tư với Công ty Đại Á và công ty Đô Thị Mới.
Đồng thời, trong quá trình thực hiện chức trách nhiệm vụ, Nguyễn Thành Nhân đã không chỉ đạo cấp dưới báo cáo kiến nghị trong việc hạch toán doanh thu, không tổ chức quản lý chặt chẽ các khoản doanh thu, dẫn đến gây thiệt hại cho Saigon Co.op.
Hành vi của Nhân thể hiện việc cố ý bỏ mặc hậu quả từ hành vi phạm tội của Diệp Dũng, tạo điều kiện để Dũng hoàn thành hành vi phạm tội, dẫn đến gây thiệt hại cho Saigon Co.op. Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan điều tra kết luận hành vi của bị can Nguyễn Thành Nhân đã phạm vào tội "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" với vai trò giúp sức.
Đối với bị can Hồ Mỹ Hòa, cơ quan điều tra xác định: Với vai trò là Ủy viên HĐQT, Giám đốc Phòng Tài chính – Saigon Co.op, Hồ Mỹ Hòa đã không thực hiện nhiệm vụ của minh đối với việc Saigon Co.op ký kết hợp đồng với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới; khi phát hiện sai phạm đã không đề xuất các biện pháp ngăn chặn, gây thiệt hại cho Saigon Co.op. Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan điều tra kết luận hành vi của bị can Hồ Mỹ Hòa đã phạm vào tội "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" với vai trò giúp sức.
Đối với các bị can Trần Trung Liệt, Hàn Thanh Dân, Phạm Thị Minh Ngọc, Nguyễn Thị Thùy Trang, căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan điều tra kết luận hành vi của các bị can trên đã phạm vào tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Ngoài vụ án này, tháng 4/2022, ông Diệp Dũng bị TAND TPHCM tuyên phạt 2 năm tù về tội Chiếm đoạt tài liệu bí mật Nhà nước theo Điều 337 Bộ luật Hình sự.
Hồng Đức