Ông Đỗ Thắng Hải khẳng định lãnh đạo Chính phủ từ Thủ tướng và lãnh đạo Chính phủ trực tiếp phụ trách lãnh đạo Ban Chỉ đạo 389 quốc gia đều hết sức quan tâm vụ việc. Đã có nhiều cuộc họp có sự tham gia chủ trì của lãnh đạo Chính phủ, Ban Chỉ đạo 389 quốc gia và lãnh đạo các bộ liên quan như Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tư pháp, Bộ Công an, Viện Kiểm soát nhân dân Tối cao, Toà án nhân dân Tối cao…
Sau nhiều nội dung bàn luận, còn có nhiều ý kiến khác nhau. Đến ngày 31/5/2017 vừa qua, VKSND tỉnh Đồng Nai đã ban hành Quyết định huỷ bỏ Quyết định không khởi tố vụ án hình sự ngày 15/4 của cơ quan điều tra Công an tỉnh Đồng Nai đã ban hành trước đó. Vụ việc này thực hiện lại các công đoạn với sự tham gia của các DN liên quan, địa phương, lấy ý kiến nhiều bộ, ngành liên quan.
"Chúng tôi tin vụ việc này sẽ được xử lý theo đúng các quy định pháp luật, mang lại đúng sự thật để trả lời dư luận nhân dân, nhất là Hiệp hội Phân bón Việt Nam, các DN làm ăn chân chính", Thứ trưởng Đỗ Thắng Hải khẳng định.