Cáo trạng của VKSND cùng cấp xác định: Ngày 19/6/2007, 10 container gỗ trắc và cẩm lai của Nguyễn Văn Hòa bị bắt giữ tại Cảng Cát Lái, TP. Hồ Chí Minh. Trong khi Cơ quan điều tra đang tiến hành xác minh làm rõ thì Hòa đã yêu cầu Đặng Văn Minh tìm người “lo chạy” để Cơ quan điều tra không phát hiện Hòa là chủ của 10 container gỗ lậu đó. Minh đã liên hệ với Nguyễn Ngọc Khanh và được Khanh “hứa hẹn” sẽ giúp Hòa với giá 60.000 USD. Từ đây, Khanh tìm gặp Chu Hồng Thái để “chạy tội” cho Hòa. Thông qua Khanh, Thái đòi ứng trước của Hòa 10.000 – 20.000 USD để làm “chi phí liên hệ”. Hòa đưa cho Khanh 30.000 USD để Khanh đưa lại cho Thái nhưng Khanh chỉ đưa “nhỏ giọt” với tổng là 5.000 USD cho Thái. Sau đó, Thái nói không giúp được và giới thiệu luật sư Lê Hồng Nguyên với Khanh và nhờ Nguyên giải quyết việc của Hòa. Nguyên liên hệ ra Hà Nội và yêu cầu Khanh nói với Hòa chi ứng trước cho Nguyên 20.000 – 30.000 USD. Nhận tiền của Hòa, Khanh đã đưa cho Nguyên 20.000 USD.
Theo lời khai của Khanh được dẫn ra trong bản cáo trạng, sau khi Nguyễn Thị Thanh Hiền (nguyên Giám đốc Công ty TNHH Kim Lợi) bị bắt, Thái đã bảo Khanh liên hệ người nhà Hiền thuê luật sư Nguyên bào chữa cho thuận tiện. Khi hợp đồng thuê luật sư được ký, Khanh đã đem 100 triệu đồng đến nộp cho Nguyên; sau đó Thái bảo Khanh đưa tiếp cho Nguyên 5.000 USD để đi Hà Nội. Thái còn bảo Nguyên yêu cầu Khanh đưa tiếp 500 triệu đồng để lo việc cho Hòa. Thực hiện các yêu cầu trên, Khanh đã đưa 5.000 USD và 300 triệu đồng cho Nguyên. Trong quá trình liên hệ với Minh để Minh liên hệ với Hòa, Khanh đã cho Minh 1.000 USD và 3-5 triệu đồng. Trong tổng số tiền nhận của Hòa, Khanh giữ lại tiêu xài cá nhân 2.500 USD và 85 - 87 triệu đồng.
Sau khi Nguyễn Văn Hòa bị bắt, Minh đã nhiều lần điện thoại và tìm gặp Khanh đòi lại tiền để trả cho Hòa. Khanh và Thái gặp Nguyên đòi tiền nhưng phải sau nhiều lần đòi thì Nguyên mới chịu trả cho Khanh 300 triệu đồng. Theo bức thư của Khanh viết cho Thái được dẫn ra trong bản cáo trạng thì luật sư Lê Hồng Nguyên đã trực tiếp và thông qua Thái nhận từ Khanh 32.500 USD và 100 triệu đồng.
Bản cáo trạng kết luận, từ tháng 7 - 9/2007, Nguyễn Ngọc Khanh đã nhiều lần thông qua Đặng Văn Minh yêu cầu Nguyễn Văn Hòa giao cho Khanh 60.000 USD và 500 triệu đồng để đưa cho đối tượng chạy tội cho Hòa. Trong tổng số tiền này, Khanh đã trực tiếp giao 20.000 USD và 400 triệu đồng cho “đối tượng”; Khanh đưa 12.500 USD cho Chu Hồng Thái để Thái giao lại cho “đối tượng” nhận trách nhiệm đưa hối lộ “chạy tội” cho Hòa. Tuy nhiên bản cáo trạng của VKSND lại không xác định được “đối tượng” nhận tiền từ Thái và Khanh nói trên là ai. Đối với luật sư Lê Hồng Nguyên, bản cáo trạng nhận định: mặc dù có lời khai về việc Nguyên đã nhận tiền của các đối tượng để lo “chạy tội” cho Hòa nhưng do Nguyên không thừa nhận, cũng không có tài liệu khác để xác định lời khai về việc nhận tiền của Nguyên nên chưa đủ căn cứ khởi tố vị luật sư này.
Vì các lý do trên, TAND TP. Hồ Chí Minh nhận định: vụ án có dấu hiệu bỏ lọt tội phạm, bên cạnh đó nhiều vần đề có trong hồ sơ chưa được làm rõ. Từ đó Hội đồng xét xử quyết định hoãn phiên tòa để cơ quan tố tụng tiến hành điều tra bổ sung.
Trần Xuân