Các thay đổi lớn đối với người nộp thuế là tổ chức

Theo đó, Thông tư bỏ liệt kê các doanh nghiệp đăng ký theo pháp luật chuyên ngành (điểm a khoản 2 Điều 4), để tránh việc pháp luật chuyên ngành sửa đổi sẽ ảnh hưởng đến quy định tại Thông tư.

Sửa đổi phạm vi áp dụng đối với tổ hợp tác: "tổ hợp tác được thành lập và tổ chức hoạt động theo quy định tại Nghị định 77/2019/NĐ-CP ngày 10/10/2019 của Chính phủ về tổ hợp tác nhưng không thuộc trường hợp đăng ký kinh doanh qua cơ quan đăng ký kinh doanh theo quy định tại khoản 2 Điều 107 Luật Hợp tác xã 2023" (điểm b khoản 2 Điều 4), để loại trừ tổ hợp tác thuộc diện đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông cùng với đăng ký kinh doanh theo quy định tại Nghị định số 92/2024/NĐ-CP về đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.

Bổ sung quy định về mã số thuế đối với nhà thầu nước ngoài

Về mã số thuế cấp cho người nộp thuế là nhà thầu nước ngoài đăng ký nộp thuế trực tiếp với cơ quan thuế, Thông tư số 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định đối với trường hợp có nhiều nhà thầu nước ngoài trên cùng một hợp đồng nhà thầu ký với bên Việt Nam và các nhà thầu có nhu cầu kê khai, nộp thuế riêng thì mỗi nhà thầu nước ngoài được cấp riêng một mã số thuế 10 số (điểm d khoản 4 Điều 5).

Sửa đổi quy định cấp mã số thuế nộp thay cho tổ chức có hợp đồng hoặc văn bản hợp tác kinh doanh, theo đó người nộp thuế chỉ đăng ký cấp mã số thuế nộp thay trong trường hợp này nếu có nhu cầu cấp mã số thuế riêng cho hợp đồng hợp tác kinh doanh (điểm e khoản 4 Điều 5).

Đơn giản hóa thủ tục đăng ký, thay đổi thông tin và tạm ngừng hoạt động

Thông tư đã bỏ Bảng kê các đơn vị phụ thuộc mẫu số BK02-ĐK-TCT trong thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu của đơn vị phụ thuộc (điểm a.2, b.2 khoản 1 Điều 7).

Đồng thời bổ sung địa điểm nộp hồ sơ tại Cục Thuế doanh nghiệp lớn trong trường hợp người nộp thuế được phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý đối với người nộp thuế là người điều hành, công ty điều hành chung, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mở dầu khí tại vùng chồng lấn, nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, công ty mẹ - Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ các hợp đồng dầu khí (khoản 7 Điều 7).

Đối với thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế, bổ sung địa điểm nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế đối với người nộp thuế là nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí khi chuyển nhượng phần vốn góp trong tổ chức kinh tế hoặc chuyển nhượng một phần quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí tại Cục Thuế doanh nghiệp lớn trong trường hợp người điều hành được phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý (điểm c khoản 1 Điều 10).

Sửa đổi, bổ sung cách xác định thời hạn ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST đối với trường hợp thay đổi thông tin làm thay đổi cơ quan thuế quản lý tại điểm a khoản 2 Điều 11 như sau:

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra (đối với hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế (đối với hồ sơ không thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), đồng thời người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi theo quy định tại khoản 3 Điều 6 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến.

Quá thời hạn nêu trên, trường hợp người nộp thuế chưa hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì thời hạn cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST được xác định lại là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế nơi chuyển đi.

Việc xác định người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Đối với người nộp thuế đã hoàn thành chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi chuyển đi nhưng không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở tại cơ quan đăng ký kinh doanh hoặc tại cơ quan thuế nơi chuyển đến, Thông tư số 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định cơ quan thuế gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu mẫu số 01/TB-BSTT-NNT tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP qua địa chỉ thư điện tử, số điện thoại của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế theo thông tin người nộp thuế đã đăng ký để đảm bảo tính công khai, minh bạch với người nộp thuế (điểm b khoản 3 Điều 11); sửa đổi cơ quan thuế ban hành Thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, chuyển trạng thái "Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký" và công khai thông tin trên cổng thông tin điện tử là cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đi (điểm b, c khoản 3 Điều 11).

Về thủ tục tạm ngừng hoạt động, kinh doanh, Thông tư bổ sung quy định cơ quan thuế không cập nhật trạng thái tạm ngừng hoạt động, kinh doanh đối với doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác nếu được cơ quan đăng ký kinh doanh chấp thuận tạm ngừng kinh doanh theo quy định của pháp luật về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh nhưng sau khi cơ quan thuế ban hành Thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (khoản 2 Điều 12).

Bổ sung quy định cơ quan thuế không cập nhật trạng thái tạm ngừng hoạt động, kinh doanh hoặc tiếp tục hoạt động, kinh doanh đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế nếu có văn bản chấp thuận tạm ngừng hoạt động, kinh doanh hoặc tiếp tục hoạt động, kinh doanh trước thời hạn của cơ quan nhà nước có thẩm quyền nhưng sau khi cơ quan thuế thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (khoản 2 Điều 13).

Siết quản lý mã số thuế và xác minh tình trạng hoạt động

Bổ sung quy định về hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Theo đó, trước khi nộp hồ sơ giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã (bao gồm cả trường hợp giải thể tự nguyện và giải thể bắt buộc), hoặc chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc tại cơ quan đăng ký kinh doanh, người nộp thuế phải đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để nộp hồ sơ và thực hiện các thủ tục về thuế, hoàn thành nghĩa vụ thuế theo quy định (khoản 3 Điều 14).

Bổ sung quy định về hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ hợp tác thực hiện đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông cùng với đăng ký kinh doanh là các giao dịch chấm dứt hoạt động tổ hợp tác do cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang (khoản 4 Điều 14).

Về chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với người nộp thuế trong trường hợp cơ quan thuế ban hành Thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (Điều 17), Thông tư bổ sung các trường hợp thuộc diện xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (điểm đ, e, g khoản 1 Điều 17) gồm:

Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Cơ quan thuế nhận được thông tin về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác, Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc do Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký kinh doanh truyền sang Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế lần đầu hoặc khi thay đổi thông tin đăng ký thuế mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Bổ sung trạng thái 09 "Người nộp thuế chờ xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký", đồng thời bổ sung quy định cơ quan thuế gửi thông tin về việc người nộp thuế thuộc trường hợp chờ xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký đến tài khoản giao dịch thuế điện tử của người nộp thuế; địa chỉ thư điện tử, số điện thoại của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế đã đăng ký với cơ quan thuế hoặc qua ứng dụng EtaxMobile, VNeID của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế. Người nộp thuế có thể đến cơ quan thuế giải trình trực tiếp hoặc bổ sung thông tin, tài liệu bằng văn bản để chứng minh tình trạng đang hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế hoặc giải trình trước khi cơ quan thuế thực hiện xác minh và được cơ quan thuế chấp thuận giải trình thì cơ quan thuế cập nhật lại trạng thái mã số thuế của người nộp thuế trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ khai thuế hoặc chấp thuận giải trình của người nộp thuế (Khoản 1 Điều 17).

Đối với hồ sơ khôi phục mã số thuế trong trường hợp người nộp thuế bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, Thông tư số 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định đối với trường hợp người nộp thuế đã thay đổi địa chỉ trụ sở. Theo đó, người nộp thuế phải ghi địa chỉ trụ sở hiện tại và giải trình lý do trong văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế, đồng thời nộp kèm hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế (điểm b khoản 1 Điều 18).

Bổ sung trường hợp và hồ sơ khôi phục mã số thuế đối với đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế do chấm dứt hoạt động đến cơ quan thuế nhưng chưa nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh, sau đó có văn bản hủy quyết định chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc (điểm d khoản 1 Điều 18).

Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp hợp tác xã, tổ hợp tác đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký thì sau khi được cơ quan đăng ký kinh doanh khôi phục tình trạng pháp lý theo quy định của pháp luật về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký tổ hợp tác, người nộp thuế phải nộp hồ sơ khôi phục mã số thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 2 Điều 18).

Chinhphu.vn