Hướng dẫn xử lý thuế GTGT vãng lai sau sáp nhập tỉnh

Từ ngày 1/7/2025, tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu sáp nhập với TPHCM. Bà Phượng hỏi, từ ngày 1/7/2025 trở đi, nếu có hoạt động xây dựng tại khu vực Bà Rịa-Vũng Tàu (cũ) nay thuộc TPHCM thì công ty bà có còn phải phân bổ thuế GTGT 1% trên doanh thu nữa không?

Số tiền thuế GTGT vãng lai công ty đã nộp cho Kho bạc Nhà nước Phú Mỹ (thuộc Bà Rịa-Vũng Tàu cũ) từ ngày 1/1/2022 đến ngày 30/6/2025 đến nay vẫn chưa khấu trừ hết, số tiền này có được hoàn hay không, và công ty bà phải xử lý như thế nào cho đúng luật?

Về vấn đề này, Thuế TP. Hồ Chí Minh có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 1 Nghị quyết số 202/2025/QH15 ngày 12/6/2025 của Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp tỉnh:

"Điều 1. Sắp xếp các đơn vị hành chính cấp tỉnh:

16. Sắp xếp toàn bộ diện tích tự nhiên, quy mô dân số của Thành phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu và tỉnh Bình Dương thành thành phố mới có tên gọi là Thành phố Hồ Chí Minh...".

Căn cứ điểm c khoản 3 Điều 13 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc kê khai, tính thuế, phân bổ và nộp thuế GTGT đối với hoạt động xây dựng:

"Điều 13. Khai thuế, tính thuế, phân bổ và nộp thuế giá trị gia tăng:

3.c) Đối với hoạt động xây dựng:

c.1) Người nộp thuế là nhà thầu xây dựng, ký hợp đồng trực tiếp với chủ đầu tư để thi công công trình xây dựng tại tỉnh khác với nơi có trụ sở chính của người nộp thuế, bao gồm cả công trình, hạng mục công trình xây dựng liên quan tới nhiều tỉnh thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng của các công trình, hạng mục công trình đó với cơ quan thuế nơi có công trình xây dựng theo mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này; nộp tiền thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước tại tỉnh nơi có công trình xây dựng. Trường hợp Kho bạc Nhà nước đã thực hiện khấu trừ theo quy định tại khoản 5 Điều này thì người nộp thuế không phải nộp tiền vào ngân sách nhà nước tương ứng với số tiền thuế Kho bạc Nhà nước đã khấu trừ.

c.2) Người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xây dựng vào hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính để xác định số thuế phải nộp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế giá trị gia tăng đã nộp tại tỉnh nơi có công trình xây dựng được bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính".

Căn cứ Điều 45 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định địa điểm nộp hồ sơ khai thuế:

"Điều 45. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế:

1. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

2. Trường hợp nộp hồ sơ khai thuế theo cơ chế một cửa liên thông thì địa điểm nộp hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định của cơ chế đó.

3. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định của Luật Hải quan.

4. Chính phủ quy định địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với các trường hợp sau đây:

a) Người nộp thuế có nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh;

b) Người nộp thuế thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh ở nhiều địa bàn: người nộp thuế có phát sinh nghĩa vụ thuế đối với các loại thuế khai và nộp theo từng lần phát sinh;

c) Người nộp thuế có phát sinh nghĩa vụ thuế đối với các khoản thu từ đất; cấp quyền khai thác tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản;

d) Người nộp thuế có phát sinh nghĩa vụ thuế quyết toán thuế thu nhập cá nhân;

đ) Người nộp thuế thực hiện khai thuế thông qua giao dịch điện tử và các trường hợp cần thiết khác".

Căn cứ quy định nêu trên, công ty có hoạt động xây dựng, lắp đặt tại cùng tỉnh, thành phố nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính thì không phải khai thuế, nộp thuế tại nơi phát sinh hoạt động xây dựng mà kê khai, nộp thuế tập trung tại trụ sở chính.

Căn cứ Điều 70 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14:

"Điều 70. Các trường hợp hoàn thuế:

1. Cơ quan quản lý thuế thực hiện hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân thuộc trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

2. Cơ quan thuế hoàn trả tiền nộp thừa đối với trường hợp người nộp thuế có số tiền đã nộp ngân sách nhà nước lớn hơn số phải nộp ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 1 Điều 60 của Luật này".

Trường hợp người nộp thuế có số thuế đã nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 70 Luật Quản lý thuế 2019.

Thuế Thành phố Hồ Chí Minh trả lời cho bà Đỗ Kim Phượng biết để căn cứ vào tình hình thực tế của công ty, đối chiếu các văn bản quy định tại văn bản pháp luật về thuế để thực hiện chính sách theo đúng quy định.

Chinhphu.vn