Mức thuế mới với phân bón: bảo đảm bình đẳng giữa các doanh nghiệp

Từ ngày 1/7/2025, phân bón nói chung (bao gồm cả phân bón hữu cơ) sẽ chuyển từ đối tượng "không chịu thuế" sang đối tượng "chịu thuế suất 5%". Theo ý kiến của Công ty TNHH T.L. (TPHCM), phân bón hữu cơ mà công ty sản xuất không phải là sản phẩm sản xuất độc lập có mục đích thương mại, mà là phụ phẩm tất yếu từ quy trình chăn nuôi, được tận dụng nhằm giảm tải ô nhiễm môi trường, tuần hoàn sinh học; hỗ trợ các hộ nông dân, vườn cây nhỏ lẻ; việc áp thuế GTGT 5% lên loại phụ phẩm sinh học này sẽ đẩy chi phí kế toán, chi phí quản lý và nghĩa vụ thuế vượt quá giá trị thực tế của sản phẩm.

Doanh nghiệp chăn nuôi hiện nay đã phải chịu nhiều loại thuế, phí và nghĩa vụ như: thuế GTGT 10% khi mua thức ăn chăn nuôi, vaccine, thuốc thú y; thuế TNDN 20-25%; BHXH, chi phí nhân công cao; chi phí môi trường, xử lý chất thải...

Đặc biệt, trong mô hình phát triển nông nghiệp sạch, kinh tế tuần hoàn, việc áp thêm 5% thuế GTGT cho phân bón hữu cơ không những không tăng được thu ngân sách đáng kể, mà còn cản trở mục tiêu phát triển nông nghiệp tuần hoàn và giảm phát thải mà Nhà nước đang khuyến khích.

Căn cứ vào mục tiêu công bằng thuế, khuyến khích tái sử dụng tài nguyên sinh học và giảm gánh nặng cho doanh nghiệp vừa và nhỏ trong lĩnh vực nông nghiệp, Công ty T.L. đề nghị cơ quan chức năng phân loại riêng biệt phân bón hữu cơ có nguồn gốc từ chăn nuôi (phụ phẩm) khỏi nhóm phân bón vô cơ thương mại, giữ nguyên phân bón hữu cơ tái chế từ chăn nuôi là "đối tượng không chịu thuế", hoặc tối thiểu là áp dụng cơ chế miễn-hoàn-khấu trừ đặc biệt nhằm giảm tác động tới dòng tiền và chi phí vận hành.

Trong trường hợp không thể điều chỉnh luật, Công ty đề nghị ban hành thông tư hướng dẫn chi tiết để phân biệt rõ: phân bón là sản phẩm thương mại chính; phân bón là phụ phẩm nội bộ hoặc sản phẩm hỗ trợ sinh học, nhằm bảo đảm nguyên tắc công bằng và phù hợp thực tiễn sản xuất.

Về vấn đề này, Cục Quản lý, giám sát chính sách thuế, phí và lệ phí, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Ngày 26/11/2024, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, có hiệu lực kể từ ngày 1/7/2025. Tại điểm b khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT 2024 có quy định đối tượng chịu thuế suất thuế GTGT 5% như sau:

"b) Phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và chất kích thích tăng trưởng vật nuôi theo quy định của pháp luật".

Điểm a khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

"1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển".

Khoản 3 Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024 quy định về trường hợp được hoàn thuế GTGT như sau:

"3. Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục thì được hoàn thuế giá trị gia tăng; trường hợp cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu nhiều mức thuế suất thuế giá trị gia tăng thì được hoàn thuế theo tỷ lệ phân bổ do Chính phủ quy định".

Như vậy, phân bón thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5% doanh nghiệp sẽ được khẩu trừ thuế GTGT đầu vào và được hoàn thuế nếu đáp ứng được điều kiện nêu tại khoản 3 Điều 15 Luật Thuế GTGT, theo đó chính sách thuế GTGT đã bảo đảm bình đẳng giữa doanh nghiệp sản xuất kinh doanh phân bón trong nước với doanh nghiệp nhập khẩu.

Chinhphu.vn